南京大学文化与自然遗产研究所是隶属于南京大学的专门进行物质文化遗产、非物质文化遗产、自然与文化双遗产、红色文化遗产、文化景观、博物馆以及历史文化名城名镇名村和街区调查、考古、研究、保护、利用、规划、出版、培训、文物修复的专业文化学术机构。研究所的宗旨是：紧密结合社会及学术发展要求，开展文化遗产与自然遗产调研、保护利用及人才培养，吸纳国内外文化与自然遗产研究的理论和方法，坚持科研合作和实干兴邦的工作方向，为文化遗产事业发展作出积极贡献。

研究所自2003年成立以来，在所长贺云翱教授的带领下，依托南京大学的综合学术优势，接受国家及有关省市各级政府部门和企事业单位委托，开展了近千项与文化遗产有关的调查、研究和规划项目，承担的多个科研项目先后获得全国优秀城乡规划设计二等奖，钱学森城市学金奖提名奖，江苏省测绘科技进步一等奖、第十二届哲学社会科学优秀成果二等奖、社会科学应用精品工程一等奖等奖项。经过20年的发展、研究所已经成为国内一流、在东亚地区也有一定影响力的文化研究机构。

研究所下辖考古部、基础研究部、博物馆部、规划部、非遗中心、世界遗产部、编辑部、文保修复部、培训部、数字部等业务部门和财务人事部。考古部主要工作内容包括考古勘探、考古发掘、考古资料的整理研究等。基础研究部主要从事政府决策咨询研究、文化遗产学理论研究、文化与自然遗产事业发展对策研究、红色文化遗产调查研究、中外文化遗产比较研究、区域历史与文化研究等。博物馆部提供博物馆策展与陈列设计、陈列文本撰写等服务。规划部主要业务范围为物质文化遗产相关规划及调研，如文化建设规划、文化旅游规划、文物保护单位保护规划、文化名城名镇名村规划、考古遗址公园规划、大遗址规划、区域性文化遗产保护与利用规划、红色文化遗产保护与利用规划、文化遗产解读工程设计等。非遗中心主要负责各级非遗名录和传承人申报文本编撰、非遗保护规划编制、非遗与旅游融合、文化生态保护实验区建设、非遗资源保护利用、地名文化遗产保护利用等工作。世界遗产部负责世界遗产申报地的调研和申报文本编撰工作、世界遗产保护与利用研究等。编辑部负责《大众考古》月刊、《中国城墙》学术集刊、《长江文化论丛》学术集刊和各类文化遗产图书的编辑、出版、发行及相关宣传工作。培训部负责文博教育培训工作。文保修复部业务范围包括陶器、瓷器、铜器、金银器、铁器、石刻、砖瓦、书画、古籍善本、碑帖拓片、档案文书等文物的保护、修复与复制。数字部主要通过数字文化创新研究及应用，推动各类文化遗产内容数字化，利用区块链、数字孪生、人工智能等技术手段，实现文物可溯源、预防性保护、数字化修复和全流程安全监管。

研究所还与中央部委及江苏省、南京市相关单位合作，设立有海洋文化研究中心、江苏历史文化研究基地、江苏省非遗研究基地、江苏省文博干部教育培训基地、（南京）中国城墙研究院、大运河文化带建设研究院文博考古分院、栖霞山石窟研究院、华域饮食考古与饮食文化研究院、苏州地名文化遗产研究基地等学术平台。